Mi è capitato di dover rimuovere lilo da un portatile dual boot e dato che poi non ricordo mai come si fa’…

per zappare completamente il MBR:
dd if=/dev/zero of=/dev/hda bs=512 count=1

per non cancellare la partition table:
dd if=/dev/zero of=/dev/hda bs=446 count=1

Ovviamente non garantisco nulla… :-)